Mimo politycznej gorączki końca lat 30. niewielu Sarmatów przeczuwało, że dla większości z nich rok akademicki 1938/1939 będzie końcem ich korporacyjnej pracy i wymusi konieczność pożegnania się
 z ukochanym Stowarzyszeniem na przeszło 50 lat.

Życie w Sarmatii pozornie toczyło się bez zmian. Na kwaterze przy Czerniakowskiej fuksówki odbywały się jak zwykle w poniedziałki, we wtorki młody filisteriat miał swe spotkania brydżowe, środy wypełniały dni kwaterowe, zresztą coraz bardziej pustawe. Wakacje były bardzo upalne, sarmackie ziemiaństwo zajmowało swoją głowę zbiorami, inni wypoczywali w różnych zakątkach kraju. Pomimo zaognienia się sytuacji politycznej mobilizacji powszechnej jeszcze nie ogłoszono, ale w drodze tak zwanej mobilizacji kartkowej coraz więcej Sarmatów powoływano do wojska. Ogółem do września 1939 r. do czynnej służby powołano 60 Sarmatów, z mobilizacji zwolniono tylko tych, którzy pracowali w przemyśle wojennym. Po zajęciu Warszawy przez Niemców kwatera korporacji znalazła się w dzielnicy niemieckiej, została wysadzona jeszcze przed wybuchem Powstania Warszawskiego, a wraz z nią, cały majątek Korporacji.

W walkach nad Wartą w okolicach Strońska poległ Ryszard Posiadało, jako porucznik 30. pułku strzelców, jego kolega pułkowy – ppor. Wacław Szymborski poległ pod Cyrusową. Po wkroczeniu Sowietów 17 września został zamordowany Edmund Bułhak. Najmłodszy fuks Sarmatii – Jerzy Knorr, liczący 19 lat został ciężko ranny w Obronie Warszawy w dniu 21 września i zmarł z ran w szpitalu polowym. Podczas jego pogrzebu ostatni raz wystawiono przedwojenny sztandar Sarmatii. 12 Sarmatów znalazło się w niewoli niemieckiej, 5 trafiło do sowieckich obozów w Kozielsku i Starobielsku – wszyscy zostali zamordowani w kwietniu 1940 r. Za wojnę obronną 4 Sarmatów odznaczonych zostało Orderem Virtuti Militari, 5 kolegów otrzymało Krzyż Walecznych. Po przegranej kampanii wrześniowej różnymi drogami dotarło do Francji 26 Sarmatów, dla pozostałych w kraju rozpoczął się ponury okres niewoli, lecz nikt nie przypuszczał, że wrzesień 1939 r. to dopiero pierwszy grom dziejowej burzy. Rozpoczynały się lata brutalnej okupacji, podczas których w łapankach i obozach śmierci lub walce z bronią w ręku mordowani byli kolejni członkowie Korporacji:

  • Jerzy Dunin-Mieczyński, Stanisław Cybulski, Stanisław Siekierzyński, Jerzy Woyno, Jan Wojtowicz, Stanisław Froelich, Edward Korwin-Piotrowski, Stefan Chrząszczewski, Wojciech Jaxa-Bąkowski, Franciszek Ostrowski – zamordowani w związku z działalnością konspiracyjną
  • Andrzej Jankowski, Andrzej Weissbrod, Zdzisław Pryliński, Jerzy Czerwiński – Palmiry
  • Ernest Helmersen, Kazimierz Dąbrowski – Dachau
  • Stanisław Totwen – Oranienburg
  • Andrzej Czaplicki – Gross-Rosen
  • Tadeusz Biliński, Adam Brzeziński, Konstanty Makomaski, Stefan Słubicki, Janusz Zembrzuski – Katyń
  • Edmund Janowski, Henryk Kołobrzeg-Kolberg, Władysław Krassowski, Jerzy van den Mersch – Auschwitz

Wielu zostało wysiedlonych i zesłanych.

Nie bacząc na grożące niebezpieczeństwo, Sarmaci zaangażowali się w prace ruchu oporu od samego początku okupacji. Brali udział przy nielegalnej produkcji broni, działali w wywiadzie, pracowali naukowo m.in. nad badaniem pocisku V2, w służbie zdrowia przy produkcji szczepionki przeciw tyfusowi oraz zajmowali się działalnością samopomocową w konspiracyjnej organizacji ziemian polskich „Uprawa”. Wielu starszych członków Korporacji zajmowało się zaopatrywaniem w broń, żywność i dokumenty dziesiątek żołnierzy Armii Krajowej. To m.in. majątek Sarmatów – braci Szweycerów stał się zapleczem działania ostatniego oddziału Wojska Polskiego walczącego w pełnym umundurowaniu, dowodzonego przez mjr. Henryka Dobrzańskiego ps. „Hubal”.

Przed wybuchem Powstania w Warszawie przebywało około 40 Sarmatów. Już w 1943 r. została sformowana sarmacka 3 drużyna 237. Plutonu VIII Dywizji Piechoty AK, której dowódcą był Jerzy Dunin-Mieczyński, ostatni przedwojenny Olderman. Szczegółowo swój udział w Powstaniu opisał w swojej książce pt. „Z fałszywym ausweisem w prawdziwej Warszawie” kpt. Stanisław Jankowski, adiutant generała Bora-Komorowskiego i dowódca słynnego plutonu przebijającego się z Woli do Śródmieścia. W pierwszych dniach Powstania, w ataku zgrupowania „Garłuch” na lotnisko, poległ Wiktor Jastrzębski „Rundka”. Na Mokotowie w pułku „Baszta” walczył, jako dowódca plutonu, ppor. Leonard Jastrzębski „Krzysztof”. W jego plutonie walczył Aleksander Neuhoff von der Ley „Olek”, który poległ 25 września przy obronie odcinka. W nieznanych formacjach AK walczyli i polegli następujący Sarmaci: Lucjan Dziewanowski, Ryszard Jahołkowski, Stefan Miłkowski, Adam Niewiarowski, Jan Oczechowski i Stanisław Warzycki. Zamordowani zostali: Stanisław Geyer, Stanisław Bieńkowski, Edmund Janowski i Stanisław Totwen. Łącznie w walkach powstańczych zginęło 12 Sarmatów, a 4 zostało zamordowanych.

II wojna światowa przerzedziła szeregi Korporacji. 50 naszych kolegów oddało swoje życie w walce o wolną i niezawisłą Polskę. Ci, którzy przeżyli, skazani zostali na dożywotnią emigrację lub musieli pogodzić się z nową rzeczywistością polityczną, w której nie było często miejsca ani dla nich, ani dla ich ukochanego Stowarzyszenia. Do 1960 r. los emigrantów podzieliło ponad 30. członków Korporacji. Mimo dziejowych burz, wojennej zawieruchy i represji, które spadały na członków korporacji akademickich ze strony władz komunistycznych, Sarmaci podtrzymywali braterskie więzy na tyle, o ile było to możliwe. W kraju Korporacja jednoczyła się wokół fil! Stefana Skalskiego, wieloletniego Prezesa Związku Filistrów Sarmatii, jednego z ostatnich petersburczyków. Odbywały się wówczas spotkania towarzyskie i rocznicowe. Tak w 1959 r. odbył się w Warszawie nieoficjalny bal Sarmatii. Starzejące się już grono Sarmatów uroczyście obchodziło również rocznice założenia Korporacji. Tak komersz 70. lecia odbył się w domu fil! Blautha, komersz 75. lecia w refektarzu Kościoła św. Anny etc. Nakładem Związku Filistrów Sarmatii spisana i wydana została jubileuszowa Księga Osiemdziesięciolecia Sarmatii, która pomogła ocalić od zapomnienie bezcenne wspomnienia i relacje dotyczące funkcjonowania Korporacji przed II wojną światową. W 1978 r. w Londynie pod przewodnictwem fil! Janusza Popiela zawiązało się Koło Filistrów K! Sarmatia na Obczyźnie. Komunikaty wydawane przez Koło londyńskie stały się trwałym, materialnym spoiwem łączących członków Stowarzyszenia rozsianych po całym świecie. Dzięki wytężonej pracy Janusza Popiela przetrwały nieocenione wspomnienia, z których fragmentów złożona jest niniejsza relacja. Funkcjonowanie Zorganizowanego Koła Filistrów umożliwiło ożywienie kontakty z przedstawicielami innych polskich korporacji, którzy znaleźli się na emigracji. Szczególne relacje Sarmaci utrzymywali z członkami Polonii, Arkonii, Welecji, Lechii, Jagiellonii i Aquilonii. Radość, która towarzyszyła korespondencji napływającej z Brazylii, Stanów Zjednoczonych, Kanady, Australii, Afryki Południowej i Polski była tym większa, ilekroć w Komunikatach pojawiała się informacja dot. odnalezienia któregoś z kolegów niewidzianych od ponad 40 lat. Istotnym aspektem działania Koła była pomoc finansowa świadczona kolegom żyjącym w Polsce, szczególnie podczas trudnych lat stanu wojennego. Mimo przywrócenia do życia dawnych wspomnień korporacyjnych grono członków Korporacji malało.  80. Rocznicy założenia Korporacji doczekało 37. Sarmatów, mniej niż 1/5 wszystkich członków Korporacji na dzień 1 września 1939.  Dla wielu była to ostatnia okazja na zobaczenie towarzyszy dawnych lat szczęścia i przyjaźni i spotkania się w tak licznym gronie. Aby zostawić trwały ślad i oddać hołd zmarłym kolegom nakładem finansowym Koła Filistrów Sarmatii wmurowano trzy tablice pamiątkowe. W dniu 75-lecia K! Sarmatia Koło Filistrów ufundowało i wmurowało w kościele św. Andrzeja Boboli w Londynie tablicę ku czci zmarłych, poległych i pomordowanych członków Korporacji. Z inicjatywy oraz kosztem pięciu warszawskich korporacji, a mianowicie: Sarmatii, Patrii, Aquilonii, Respubliki i Sparty oraz poznańskiej Lechii, w latach 1983-1988, w wieży przy kościele akademickim św. Anny w Warszawie, powstała Kwatera Pamięci poświęcona polskim korporacjom akademickim, zrzeszonym w Związku Polskich Korporacji Akademickich. Do dziś w kruchcie Kościoła wmurowana jest trzecia tablica, tablica pamięci Sarmatów, którzy polegli bądź zostali zamordowani w latach 1920-1945.

Wojna okazała się nie lada sprawdzianem dla każdej korporacji akademickiej. Nie oszczędziła również Sarmatii, najstarszej warszawskiej korporacji akademickiej. Zginęło wielu członków Stowarzyszenia, w tym wielu tych, którzy pamiętali jego pierwsze kroki, które korporacja stawiała jeszcze w Petersburgu. Wraz z nimi bezpowrotnie odeszły pamiątki, wspomnienia i charakter, który nadawali swoją obecnością. Majątek Korporacji uległ zniszczeniu, a ci, którzy przeżyli, rozproszyli się. Jedynym wybawieniem okazały się trwałe i szczere więzy przyjaźni zawiązane w Korporacji, które pozwoliły Sarmatom odnaleźć się po latach, świadczyć sobie pomoc materialną i podtrzymać ducha oraz tradycje Stowarzyszenia, którego reaktywację w Polsce wolnej od komunistycznego jarzma mogło oglądać 35 Sarmatów.